1주택자 종부세 최대 80% 감면 줄어드나? 실거주 중심 개편 정리

1주택자 종부세 최대 80% 세액공제 개편안 확정… 실거주 여부에 따라 기본공제와 장기보유 공제 달라진다
비거주 1주택자는 기본공제 12억 원 유지, 실거주자는 14억 원으로 확대… 종부세 부담 어떻게 달라질까

최근 고가 1주택자에게 적용되는 종부세 세액공제 규모가 크게 늘면서 정부가 1세대 1주택자 종부세 제도를 실거주 중심으로 바꾸는 방안을 내놨습니다.

특히 과세표준 20억 원을 넘는 고가 1주택자의 세액공제 규모가 크게 증가한 것으로 나타났습니다.

2025년 귀속 기준 과표 20억 원 초과 주택에 적용된 종부세 세액공제액은 461억 원으로, 전년 182억 원보다 153.2% 증가했습니다.

이들 고가 1주택자의 1인당 평균 결정세액은 5,570만 원으로 전년보다 23.2%(1,681만 원) 감소했습니다. 반면 과표 20억 원 이하 1주택자의 평균 세액은 159만 원으로 큰 변화가 없었습니다.

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1주택자 종부세, 현재 최대 80%까지 공제

현행 종부세 제도에서는 1세대 1주택자가 일정 요건을 충족하면 고령자 공제와 장기보유 공제를 받을 수 있습니다.

만 60세 이상이면 연령에 따라 20~40%, 주택을 5년 이상 보유하면 보유기간에 따라 20~50%의 세액공제가 적용됩니다. 두 공제는 중복 적용할 수 있지만 합계 공제율은 최대 80%로 제한됩니다.

문제는 현행 장기보유 공제가 실제 거주 여부와 관계없이 보유기간을 기준으로 적용된다는 점입니다.

이에 따라 장기간 보유한 고가 주택의 경우 실제 거주하지 않더라도 상당한 세액공제를 받을 수 있다는 지적이 나왔습니다.

정부가 2026년 세제개편안에서 내놓은 핵심 방향은 1주택자에 대한 종부세 혜택을 실거주 여부와 연계하는 것입니다.

당초 발표안에서는 1세대 1주택자의 기본공제를 실거주 여부에 따라 차등화하고, 기존의 장기보유 공제를 거주기간에 따른 공제로 전환하는 내용이 포함됐습니다.

거주기간에 따른 공제율은 5~9년 20%, 10~14년 40%, 15년 이상 50%로 제시됐습니다. 동시에 고가 주택일수록 세액공제 혜택이 과도하게 커지는 것을 막기 위해 세액공제 한도도 신설하는 방안이 포함됐습니다.

즉, 단순히 집을 오래 보유했다는 이유보다는 실제로 거주한 기간을 중요하게 보겠다는 방향입니다.

여기서 중요한 변화가 하나 있습니다.

정부는 당초 비거주 1주택자의 기본공제를 현행 12억 원에서 9억 원으로 축소하려 했지만, 이후 의견 수렴과 부처 협의를 거쳐 이 내용을 수정했습니다.

2026년 9월 1일 확정된 정부안에서는 비거주 1주택자의 기본공제를 12억 원으로 유지하기로 했습니다. 반면 실거주 1주택자의 기본공제는 당초 개편안대로 14억 원으로 확대하는 방향을 유지했습니다.

따라서 현재 정부안은 단순히 “비거주자는 종부세 공제를 없앤다”는 내용이 아닙니다.

정리하면 비거주 1주택자는 기존 12억 원을 유지하고, 실거주 1주택자는 14억 원으로 확대하는 차등 구조입니다.

이번 개편의 핵심은 '1주택자라면 모두 같은 혜택을 받는 구조'에서 실거주 여부를 반영하는 방향으로 바뀐다는 점입니다.

다만 9월 1일 확정된 내용도 아직 국회를 통과한 법률은 아닙니다. 정부는 수정한 세법개정안을 국회에 제출했고, 이후 정기국회 심사를 거치게 됩니다.

구분	기존	정부안
비거주 1주택자	12억 원	12억 원
실거주 1주택자	12억 원	14억 원

따라서 현재 단계에서는 현행 제도와 정부 최종안, 향후 국회 심사 결과를 구분해서 볼 필요가 있습니다.

특히 고가 1주택자라면 기본공제 금액뿐 아니라 장기보유 공제가 거주기간 중심으로 바뀌는지, 세액공제 한도가 어떻게 적용되는지까지 확인해야 합니다.

결국 이번 종부세 개편의 핵심은 단순한 '1주택자 세금 인상'이 아니라 실거주 여부에 따라 종부세 혜택을 차등화하는 것입니다.